《温州医科大学学报》创刊于1959年，是一本历史长久的综合性医学学术期刊。该刊为大16开，月刊，88页，国内外公开发行。主要报道温州医科大学及浙江省的医学科学研究新成果、新动态，内容包括基础医学、临床医学、预防医学、祖国医学及医学教学研究等。本刊为“中国科技论文统计源期刊”（中国科技核心期刊），已被美国《化学文摘》、波兰《哥白尼索引》、中国科技论文与引文数据库、中国生物医学文献数据库、中国期刊全文数据库、万方数字化期刊等国内外十余家权威数据库收录。论著栏目在《浙江省评审卫生高级专业技术资格医学卫生刊物名录》中列为一级并在温州医科大学学术期刊定级名录（2014年版）中列入科技类学术期刊一级。本刊在《温州医科大学学术期刊定级名录（人文社科类2017版）》中列为2A级。

历史沿革：

1959年10月《温州医学院校刊》创刊。

1960年更名为《温州医学院学报》。

1990年3月20日中国科学技术情报研究所通知，确定《温州医学院学报》列为中国科技论文统计源期刊。

2001年2月9日浙江省科技厅浙科条发（2001）41号文批准《温州医学院学报》由季刊变更为双月刊。

2007年被美国《化学文摘》和波兰《哥白尼索引》收录。

2012年根据卫办人（2012）2号文件，《温州医学院学报》论著在浙江省评审卫生高级专业技术资格医学卫生刊物名录中列入一级。

2013年浙江省新闻出版局发文，同意《温州医学院学报》由双月刊变更为月刊。

2013年根据国家新闻出版广电总局新出审字﹝2013﹞1239号文批复，我校主办的《温州医学院学报》更名为《温州医科大学学报》。 

2017年入选温州医科大学期刊定级名录（人文社科类2017版）2A期刊。

主要固定栏目：论著、短篇论著、病例分析、技术与方法、护理研究、综述、高教研究等栏目。

收录情况：本刊目前已经被国家科技部科学技术信息研究所评为《中国科技论文统计源期刊》、《中国科技核心期刊》，并被国内十多种权威数据库收录。

获奖情况：

2000年获《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范》执行优秀奖。

2000年度和2002年度浙江省优秀期刊二等奖。

2003-2004年度优秀科技期刊三等奖。

2006年浙江省优秀期刊二等奖。

2004年、2006年连续被收录为中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）。

2007年被美国《化学文摘》和波兰《哥白尼索引》收录。

2008年获浙江省优秀科技期刊二等奖。

2012年被评为第五届华东地区优秀期刊。

2014—2016年度浙江省优秀期刊特色奖。

荣获2018年和2020年获中国高校优秀科技期刊。  

入选2021年度中国高校科技期刊建设示范案例库·团队案例。